历史：
在神奥传说中，整个宇宙，包括神奇宝贝世界，是由一位名为阿尔宙斯的神奇宝贝创造的。阿尔宙斯从虚无之地的蛋中诞生，是第一只存在于世界的神奇宝贝。接着阿尔宙斯创造出帝牙卢卡，帕路奇犽，还可能包括骑拉帝纳。阿尔宙斯分别给了帝牙卢卡与帕路奇犽掌控时间与空间的能力，而骑拉帝纳则存在于另一个次元之中。接着，在世界诞生之初，阿尔宙斯创造了亚克诺姆，由克希，和艾姆利多，分别代表共存于现代的人类和神奇宝贝之中的意志、知识与感情。它们生存于今天被称为立志湖，睿智湖，心齐湖的湖泊底部，被称为湖中的传说神奇宝贝。在此期间，梦幻在神奇宝贝世界诞生，并包含了当时及未来存在的全部神奇宝贝的遗传基因。
固拉多与盖欧卡的大战
很久很久之后，固拉多从地底的岩浆中诞生，盖欧卡在深海的海沟中出现，烈空坐则形成于臭氧层的物质中。烈空坐在臭氧层中盘旋，偶尔也会来到天空之柱休憩。固拉多和盖欧卡分别扩张着大陆与海洋。两只超古代神奇宝贝终于碰面，带来了为争夺在神奇宝贝世界之初的优势而进行的激烈战斗。烈空坐最终平息了这场战斗，并使得固拉多与盖欧卡回到各自长眠的洞窟中。为了防止两只超古代神奇宝贝再度醒来，红色宝珠与蓝色宝珠被制造，并保管于送火山。当时，梦幻在世界各地出现，有相当多的分布数量。除此之外，神奇宝贝世界中出现了天冠山一类的地块，随着雷吉奇卡斯在陆地间的移动，形成了各个地区，在天冠山周围形成的是神奥地方。在这场造山运动中，神奥地方的东北部出现了严酷山，在其中的岩浆中诞生出席多蓝恩。阿尔宙斯创造了金刚玉魂、白玉魂和白金玉魂，之后进入了长眠之中。
远古时代的未知图腾
许多年之后进入了史前时代，并出现了多种存在于那个时期的神奇宝贝。考古学家已证实这些神奇宝贝分布于各个陆地，在今天形成了化石并包含着神奇宝贝的遗传基因。这一时期可能梦幻的数量开始减少，世界上更多地存在其它种类的神奇宝贝。除了神奇宝贝之外，神奇宝贝世界上还出现了人类。
在石器时代、冰河时代和铁器时代，分别出现了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁，它们藏于丰缘地方，并作为打开在切锋神殿雷吉奇卡斯封印的钥匙。
烧焦塔在被烧毁150年之后
约3000年前，卡洛斯地方发生战争。当时的国王az的神奇宝贝朋友花叶蒂死亡。az因而开发出了最终兵器。
1500年前，最早的文字书写方式在阿露福遗迹、阿斯卡纳遗迹和随意遗迹出现。考古学家尚不能确定未知图腾和这种书写方式究竟哪个最先出现，但显然它们之间有某种关联。在此时期，鲤鱼王的种群发生突变，成为了最脆弱的神奇宝贝。
在700年前的近代，在圆朱市相继建造了9层高的铃铛塔和钟之塔。两座塔象征着神奇宝贝与人类之间的友谊和共同生活的希望。从塔顶一览的情景十分壮丽。西边的是唤醒神奇宝贝的钟之塔，而东边的塔是神奇宝贝的休憩之处。据说在当时，一只巨大的银色神奇宝贝栖息于钟之塔顶，相对的铃铛塔则住着彩虹色的凤王。然而，在150年前，一场闪电击中了钟之塔，剧烈的大火燃烧了整整三天，在一场倾盆大雨之后才被熄灭。洛奇亚和凤王逃离了这场灾难，之后洛奇亚到漩涡列岛栖息。在那时起，第一届神奇宝贝联盟比赛开始举办。在现代时期，秋叶原博士创造了第一只人造神奇宝贝3d龙。
在数年前，人类从梦幻的基因中克、隆出超梦，超梦逃脱了人类的控制并破坏了红莲岛上的神奇宝贝屋。不久之后，红莲岛的火山喷发破坏了岛上的许多区域。另外火岩队和水舰队的首领唤醒了固拉多与盖欧卡并使它们再度交战，又再度被烈空坐平息。
在现代，由于环境的异常变化，神奥地方开始变得寒冷。敌对组织银河队使用红锁链使湖之众神召唤出了帝牙卢卡，帕路奇犽和骑拉帝纳。由于主角的干涉，银河队的计划没有得逞。那时在天冠山顶出现了一个时空裂缝，也是破格的世界的入口。骑拉帝纳和银河队首领赤日进入了破格的世界，之后这个入口的关闭让神奥地方恢复了平和。
在近年，以n为首的电浆团在合众地方活动。魁奇思以合众的建国传说四处游说，表面上是想解放神奇宝贝，实际上在酝酿更大的阴谋。而n则为他的理想收服了捷克罗姆或雷希拉姆，当击败冠军阿戴克后，主角在合众八位道馆训练家的帮助下，唤醒了另一条龙神奇宝贝在n的城堡及时阻止了n，但n幕后的魁奇思露出了他的真面目。由于主角的活跃，逮捕了魁奇思，n乘着捷克罗姆或雷希拉姆飞走。国际刑警官员大帅在主角的帮助，逮捕了电浆团余党，合众地方的风波被平定。
2年后，电浆团分裂成两派。魁奇思带领电浆团企图用酋雷姆的力量把合众地方冰冻，后来被主角及n阻止。魁奇思却让酋雷姆和捷克罗姆b2或雷希拉姆w2合体。最后，酋雷姆被主角制服，合众地方免于受到危机。
就在这段时间里，卡洛斯地方的闪焰队打算使用“最终兵器”改变这个世界。因而唤醒了哲尔尼亚斯x或伊裴尔塔尔y。主角制伏了它们以后，卡洛斯地方3000年前的国王az的后代，闪焰队首领弗拉达利使用能